Kommandostationen Flotillens nervecenter er kommandostationen, hvor alt information koordineres efter de er modtaget på telefon, over radio eller med ordonnans. Kommandostationens vigtigste opgave er, holde flotillens ledelse ajour med det aktuelle situationsbillede. Situationsbilledet viser i hvilken stand flotillen er på et givet tidspunkt, som f.eks. hvor meget mandskab der er til rådighed, hvilke aktiviteter som er iværksat og andet informationsbehandling. Denne information benyttes af flotillechefen, som er placeret på kommandostationen. I samarbejde med flotillens næstkommanderende og divisionsførerne styre flotillechefen flotillens aktiviteter. Alle på kommandostationen uddannes i radiokommunikation, journalføring og i plotning af enhedspositioner. Både søkort og landkort benyttes.